化學分析中，基質指的是樣品中被分析物以外的成分。基質對液相質譜檢測有顯著的干擾，并影響分析結果的準確性。根據基質對檢測信號響應值的不同影響，基質效應可分為基質增強效應和抑制效應。

在LC-MS/MS中，基質效應是由于非目標分析物與目標物共同流出噴霧針，對電荷產生競爭，它們將產生的霧滴牢牢吸在一起，阻止其分裂成更小的微滴，改變了帶電霧滴的表面張力，從而導致目標物的離子化效率降低或增強，引起響應降低或增高，便產生了所謂的基質抑制效應或基質增強效應。

植物性基質主要雜質：色素、酸類、糖類等。

動物性基質主要雜質：脂肪、蛋白質等。

1）樣品前處理

改進前處理方法，盡可能減少最終提取液中的雜質成分，消除基質效應。用固相萃取柱凈化樣品是個不錯的選擇，如果還有較強的基質效應，可以考慮稀釋樣品或減少進樣量。

2）同位素內標

同位素內標可以有效補償目標物在前處理時的損失，也可以消除基質干擾。缺點是內標物較貴，且較難購買，不是所有項目都能有內標物。

3）色譜柱的分離

通過色譜柱的分離手段，將基質中的雜質與目標物分離，減少雜質對目標物的影響。

4）基質曲線

利用陰性樣品配制基質曲線，用于補償基質效應，是一種*的有效的補償方法，但是工作量較大，且難以找到陰性空白基質。

5）離子源

雖然APCI源同樣存在基質效應，但是對于特定的化合物，特別是對于蛋白質沉淀法處理的樣品，APCI源的基質效應會明顯小于ESI源。