樣品的處理包括稱量、溶解到標記稀釋等步驟。樣品處理要盡量減少操作者的技術問題帶來的誤差，樣品的稀釋次數、稀釋工具都是誤差的來源。

作為進樣主力，仍是手動進樣器。如果使用方法不當，會引起色譜圖問題，標準曲線無線性，重復性差。定期對進樣閥清洗和保養，可避免由進樣閥引起的污染和堵塞，排除干擾峰，提高準確性。進樣量要大于定量環的3倍以上，這樣才能防止部分樣品由溢流管溢出從而導致定量分析的誤差。

在分析中因輸液泵的故障而引起分析結果的不準確是很常見。如塵埃、垃圾等污染物進入輸液流道內，引起配管堵塞，單向閥污染引起壓力不穩，密封墊損壞導致系統漏液，柱塞桿損壞引起無流動相流出，壓力波動。保證輸液泵的穩定和正常運行對分析結果的準確性、降低誤差是非常重要的。

配置引起的誤差、線上混合泵失靈引起的比例誤差、放置后組成的變化。例如使用揮發性溶劑，真空脫氣引起揮發性成分的損失；流動相吸收空氣中二氧化碳引起pH改變。流動相組成變化對t_R值大的組分影響最大。反相溶劑微小的變化，會引起保留時間相當大的變化。

柱上沒有恒溫裝置，通常會因溫度引起保留時間的變化，應使用柱溫箱，另外保持室內最小溫差。

流動相對色譜柱進行沖洗30min后，每隔10min~20min重復進相同的樣品，如保留時間不變表明已平衡。應注意，柱可能對某一組分平衡，而對其它組分尚未平衡。因此只有對所有的組分都平衡，才能正式分析樣品。