實驗室中較常用的設備是離心機。蛋白質純化實驗室的主力是冷凍高速離心機，轉速可達20000r/min。這種離心機在實驗室中的實用性與其所配套的轉子、離心管和離心桶種類的多少直接相關。從幾毫升的離心管到500mL的離心桶所適用的轉子都可以買到。大轉子在蛋白質純化早期步驟中處理大體積的提取物時是非常有用的。

如果想去除或制備亞細胞器，使用超速離心機是比較理想的手段。可以買到以80000r/min處理適當的大體積樣品的離心機，市場上的一些較小機器的轉速甚至更高。這些儀器的有效應用可以大大減少制備微粒體或高速離心分離上清液成分所需要的時間。鑒于這些儀器的高成本和低使用頻率，它們通常在實驗室之間共享。

許多微量分析技術的出現，使迷你離心機或微量離心機成為一種必bei的儀器。在蛋白質純化實驗室中，它雖然不是一個直接用于分級分離的裝置，但卻是一個必要的補充。基于這些考慮，大型離心機也經常用于不同類型的分析實驗，而不僅僅是用于分級分離。

為了分離蛋白質，破碎細胞的裝置是必需的。有各種儀器可達到這一目的，包括手動的和馬達驅動的勻漿機、攪拌機、超聲破碎器和壓力元件等。一般情況下，個人實驗室裝備各種低成本的設備，其余的高成本儀器在實驗室之間共享是比較合理的方案。

柱層析是大多數實驗室所使用的一種主要的蛋白質純化方法。進行蛋白質純化的每個實驗室應備有大量不同長度和直徑的層析柱，以滿足各種純化目的的需求，因為在純化規程的不斷改進過程中，這些層析柱都可能會用到。應該備有各種不同精度等級的層析柱。我們發現，用注射器針頭或管道進行液流輸入和控制、裝有塞子、簡單的、重力引流且敞口的層析柱，已經可以滿足絕大部分的色譜純化過程。然后，在許多情況下，預裝柱和加壓的快速蛋白質液相層析（FPLC）系統可能是首xuan的設備。

一個可靠的組分收集器是實驗室最重要的設備之一。組分收集器的故障可能導致數月的純化工作被毀掉。在這種情況下，用多余的資金購置一個品質優良的、多功能的組分收集器是一種明智的選擇。能加載大量的、不同尺寸規格的試管，擁有不同采集模式的收集器是最shi用的收集器。市面上有多種不同類型的組分收集器可供選擇，在購買之前應仔細分析哪種型號可以滿足預期需求。購買實驗室儀器的一個合理的策略是購買一個更精密的儀器以滿足某些情況下的特殊需求，并購買一個或多個低成本的簡單儀器來滿足日常使用。

柱層析的很多其他配件盡管不是必需的，但實用性很強，包括蠕動泵、各種規格的梯度儀和紫外線檢測器。如果需要，梯度儀可以用燒瓶或瓶子自制。在色譜操作過程中，蛋白質洗脫圖提供了重要信息。該信息可以通過使用分光光度計檢測各部分洗脫物的吸收值或使用在線紫外線檢測器的實時檢測來獲得。具有不同尺寸流動池的雙波長模式的檢測器的功能最多，也最昂貴。

最后，每個實驗室都應備有最基本的色譜層析凝膠和樹脂，包括陰離子和陽離子交換樹脂、不同孔隙度的凝膠過濾介質、疏水層析凝膠或固相染料樹脂。

每一個蛋白質純化實驗室都必須擁有自己的凝膠電泳設備。這些設備用于監測一個蛋白質的純化過程，或用于分級分離本身。一般來說，配有不同尺寸墊片和梳子的垂直平板凝膠儀已經能夠滿足多數應用。電泳儀的電源供應器是必需的。如果只購買一個電源供應器，具有可調節的恒流（0-50mA）、恒壓（0-200V）模式是很有用的。除了制備凝膠所需的化學藥品之外，也應該備有多種蛋白質標準品和染色染料。用于凝膠電泳的儀器也可用于等電聚焦。

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